Tiểu sử của Michel Henry có nhiều điểm tương đồng với nhà dân tộc học và nhân chủng học Georges Condominas (1921-2011). Cả hai người đều có cha là sĩ quan quân đội Pháp tại Đông Dương trong thời kỳ thuộc địa, đều sinh ra và sống thời thơ ấu tại Hải Phòng, đều chọn con đường nghiên cứu học thuật thay vì theo nghiệp nhà binh như những người cha của họ.

Michel Henry sinh năm 1922 tại thành phố Hải Phòng nằm trong Liên bang Đông Dương dưới thời Pháp thuộc. Năm 1929, sau cái chết của người cha là sĩ quan hải quân Pháp, Michel Henry đã theo mẹ trở về Pháp định cư. Trong quá trình học tập ở Paris, ông đã thực sự say mê môn triết học và điều này có ảnh hưởng lớn tới sự nghiệp của ông về sau. Từ năm 1943, khi đang là sinh viên đại học, ông đã gia nhập tổ chức bí mật của du kích Pháp chống lại quân đội Đức Quốc xã đang chiếm đóng nước Pháp lúc bấy giờ. Sau khi chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, ông hoàn thành nốt phần thi tốt nghiệp môn triết học. Từ năm 1960 cho đến khi qua đời, ông là giáo sư triết học tại Đại học Montpellier.

Ông qua đời tại Albi (Cộng hòa Pháp) năm 2002 ở tuổi 80.

Trước đây các tác phẩm về triết học của ông chủ yếu được biết đến nhiều trong giới học giả tại các quốc gia nói tiếng Pháp, Đức, Ý, Tây Ban Nha nhưng kể từ sau khi ông qua đời giới nghiên cứu triết học tại các quốc gia nói tiếng Anh (Anh Quốc, Hoa Kỳ, Australia, New Zealand...) đặc biệt quan tâm và dịch nhiều tác phẩm của ông sang tiếng Anh.